La storia di Stintino inizia nel 1885 con la decisione del governo italiano di istituire il primo lazzaretto del Regno d'Italia a Cala Reale e una colonia penale in località Cala d'Oliva, sull'isola dell'Asinara.
All'epoca sull'isola vivevano 54 famiglie: i residenti a Cala d'Oliva erano pescatori originari di Camogli (Liguria)trasferitisi in Sardegna, inizialmente su base stagionale e in seguito stanziale, oltre che per praticare la pesca, soprattutto per lavorare nella vicina Tonnara delle Saline. Gli abitanti di Fornelli e Cala Reale erano invece principalmente pastori e agricoltori sardi.



Costrette ad abbandonare l'isola dell'Asinara 45 famiglie si sistemarono provvisoriamente nei locali della Tonnara Saline, non lontana dal luogo dove in seguito sarebbe sorto il nuovo paese, le poche famiglie che scelsero di non stabilirsi lì si sistemarono invece tra la Nurra, Alghero, Sassari e Porto Torres.
Ben presto fu trovato un terreno per la costruzione del nuovo borgo, si trattava di una striscia di terra racchiusa tra due stretti bracci di mare che venivano chiamate Isthintini, termine poi italianizzato in Stintino, che oggi costituiscono il porto vecchio e quello nuovo, uno adibito alla pesca e l'altro turistico, il primo destinato all'attività principale degli abitanti locali, il secondo per le imbarcazioni da diporto che giungono numerose durante la stagione turistica e che partono per la visita al parco dell'Asinara.

Poco prima della partenza dall'Asinara venne fondata la Confraternita della Beata Vergine della Difesa e quando le famiglie furono costrette ad abbandonare l'isola il simulacro della Madonna, protettrice dell'isola e dei pescatori, fu trasferito anch'esso a Stintino, così che la Beata Vergine della Difesa divenne la protettrice degli stintinesi. Stintino festeggia la Beata Vergine della Difesa, patrona del paese, l'8 di settembre con la caratteristica processione via mare del simulacro della Madonna sulle barche dei pescatori, in ricordo della traversata avvenuta nel 1885 dall'Asinara a Stintino.



L'Asinara è rimasta chiusa al pubblico dal 1885 al 1999, in un isolamento totale forzato dall'istituzione del carcere di massima sicurezza nei primi anni sessanta. Il 28 febbraio 1998, giorno in cui è stato mandato via l'ultimo detenuto, il carcere è stato chiuso. Un anno dopo è stato istituito il Parco Nazionale. L'isolamento durato oltre un secolo ha indirettamente contribuito alla conservazione di alcune aree rendendo l'isola un patrimonio unico e di inestimabile valore a livello internazionale.

Annoverata tra le più importanti mete turistiche della Sardegna, Stintino è apprezzata soprattutto per le sue spiagge di sabbia bianchissima e per i suggestivi colori del suo mare.
La più conosciuta è indubbiamente la spiaggia della Pelosa, situata a Nord Est del promontorio di Capo Falcone, caratterizzata dal bassissimo fondale e dal suo mare limpido, color azzurro-turchese, che la fa sembrare una piscina a cielo aperto.



La spiaggia della Pelosa forma un unico litorale, dove si alternano tratti di roccia e sabbia fine, con la spiaggia della Pelosetta. A Nord della spiaggia della Pelosa è possibile raggiungere a piedi l'isolotto su cui sorge la cinquecentesca Torre de La Pelosa, di epoca aragonese.

Procedendo sulla SP34 in direzione di Stintino, 3 Km dopo la frazione di Pozzo San Nicola si trova la spiaggia di Ezzi Mannu.



Sempre sulla stessa strada è possibile accedere alla spiaggia di Pazzona raggiungibile percorrendo dei tratti di strada sterrata. Qui si trova un lungo ed ampio litorale bianco composto da frammenti di quarzo e ghiaia fine a tratti ricoperto da una bassa vegetazione.

La spiaggia de Le Saline è una lunga distesa di sabbia bianca dominata da una torre spagnola (tra le più antiche di tutta la Sardegna) che si trova a 2 km da Stintino, vicino ai vecchi edifici seicenteschi della tonnara. Nei giorni in cui la zona è battuta dal vento questa spiaggia diventa meta degli amanti del windsurf.

Tra le tante altre spiagge in zona, segnaliamo inoltre la spiaggia di Punta Negra in località Cala Lupo.